La Biblioteca tiene como núcleo original de sus fondos los que constituían la llamada “Biblioteca Pública de la Diócesis de Canarias” creada, al igual que en todos los Arzobispados y Obispados del Reino, en cumplimiento de la real cédula de Carlos III de 17 de febrero de 1771. Su primera sede fue en el Palacio Episcopal y a finales del siglo XVIII se traslada al Seminario Conciliar de Canarias, pasando a ser su biblioteca.
En la primera etapa de la Biblioteca se recogieron aquellos libros pertenecientes a la Compañía de Jesús cuando ésta fue expulsada de nuestro país. En esos momentos se creó el título de bibliotecario con la específica obligación de responder de los libros a él encomendados y de asistir a todo lo relativo al cuidado y su conservación. El primero de los bibliotecarios y el único que obtuvo el título Real fue Don Rodrigo Raymon y Alemán que lo consiguió el 18 de septiembre de 1777, gracias a él, la biblioteca puede ofrecer con orgullo una gran cantidad de obras, que de otra manera posiblemente se hubieran perdido. De su labor se conservan hoy en el recinto de la biblioteca una relación importante de los libros que poseía la biblioteca desde su fundación.
Otro personaje de gran importancia en los inicios de esta Biblioteca fue el obispo D. Antonio Tavira y Almazán, nombrado en 1791, reinando Carlos IV. Parte de su biblioteca se encuentra actualmente entre nuestros fondos.
Todos estos fondos, especialmente los antiguos, proceden en su mayor parte de donaciones. El obispo Antonio Tavira Almazán, antes mencionado, donó un total de 214 libros, con obras de filosofía, lenguas clásicas y de ciencias. El obispo Manuel Verdugo Albiturria se distinguió por sus medidas para el mejor cuidado y conservación de la biblioteca; cedió además diversos textos, sobre todo de jurisprudencia y concilios. El obispo Judas José Romo entregó diversas obras, especialmente de historia de la Iglesia, jurisprudencia, y una monumental enciclopedia de las ciencias y de las artes, con textos y magníficos grabados, editada en Holanda a fines del XVIII. Fueron 5.000 vols. los regalados a esta biblioteca por el obispo Lluch y Garriga, que luego sería arzobispo de Sevilla y cardenal; muchos de estos libros están en italiano y entre ellos sobresale la monumental obra de patrología de Migne, con más de 400 vols. Finalmente, otros fondos importantes proceden de donaciones de canónigos y de otros miembros del estamento eclesiástico; destacan las entregas del primer rector del Seminario, Lorenzo de Lugo y Viña, del polígrafo José de Viera y Clavijo y del obispo Antonio de la Plaza.
Y esta costumbre de donación de fondos de Obispos, sacerdotes y otros diocesanos continúa actualmente.
Los fondos, que hasta ahora posee, pueden verse en los catálogos que aquí se muestran.